Серхио Агуэро родился 2 июня 1988 года в Кильмесе, пригороде Буэнос-Айреса в многодетной семье (у Агуэро семь братьев и сестёр, он второй по старшинству). Футбол в сложных социальных условиях стал своеобразным спасением для молодого человека, стремившегося выйти из условий окружавшей его нищеты и преступности.

Особого рвения к знаниям Агуэро в детстве не испытывал. Тем не менее, в школе ему нравилась математика и английский язык. Едва возвратившись домой из школы, маленький Серхио отправлялся во двор играть в футбол с друзьями до позднего вечера и полного изнеможения. Родители Агуэро были не в восторге от постоянного отсутствия своего чада дома: "Когда я приходил домой после футбола где-то ближе к ночи, мама, казалось, была готова меня убить". Заметно уступая оппонентам по физическим параметрам, Серхио мог переигрывать их только за счёт техники и ловкости. Именно тогда, на улице, в поединках со старшими, Агуэро начал оттачивать все свои лучшие игровые качества, ставшие в будущем его визитной карточкой — технику, ловкость, скорость, несгибаемый характер и крепость духа. Старшие ребята, которым было неприятно, что их легко обыгрывает Серхио, который намного младше их, нередко били его. Однажды соперник и вовсе встретил "Куна" скотским прыжком двумя ногами в грудь, оставив шрамы на теле будущей звезды аргентинского футбола.

Футбол во дворе Серхио совмещал с занятиями в спортивной школе «Индепендьенте». В составе детской команды «Индепендьенте» Серхио стал чемпионом Аргентины. Вскоре в его карьере случился настоящий взлёт. На перспективного юношу Агуэро обратил внимание тренер молодёжной сборной Аргентины Франсиско Ферраро. 17-летний «Кун» оказался в заявке «альби-селесты» на чемпионат мира среди 20-летних в Нидерландах. В той команде Агуэро был по возрасту самым младшим. Основная масса игроков была 1985-86 гг. рождения. И только Месси родился в 1987-м, а Агуэро — в 88-м.

Героем того молодёжного мундиаля стал Лионель Месси, забивший 6 голов и внёсший основной вклад в победу Аргентины на турнире. Для Агуэро голландский вояж также не прошёл даром. Он внёс немалый вклад в общую победу — 4 раза вышел на замену, в том числе и в финале. Именно в решающем матче против Нигерии Серхио заработал пенальти, с которого Месси провёл победный мяч. «Кун» описывает ситуацию так: «Отец мне сказал, что если у меня получается играть против нигерийцев, которым на вид лет по 25, то и в Аргентине проблемы должны исчезнуть! Так и получилось».

В Апертуре-2005 Агуэро забил 9 голов, а «Индепендьенте» после нескольких не слишком удачных лет занял 4-е место! Особо в том чемпионате был отмечен гол Агуэро в ворота соперника по дерби, «Расинга» из Авельянеды, 11 сентября 2005 г.: счёт был 4:0, а Серхио поставил точку на 82-й минуте, совершив блестящий сольный проход через полполя. Клаусуру-2006 «Кун» провёл столь же хорошо, снова забив 9 голов. Агуэро в 2006-м уже можно было называть любимцем болельщиков «Индепендьенте». Публика ходила на «Куна».

На Агуэро обратили внимание гранды европейского футбола — «Реал» (Мадрид), «Бавария» (Мюнхен), «Манчестер Юнайтед». Диего Армандо Марадона начал буквально требовать от Хосе Пекермана включить Агуэро в заявку сборной Аргентины на мундиаль в Германии. На мировой форум Агуэро в итоге всё же не поехал. Места в команде ему не нашлось, так как конкуренция в атаке сборной Аргентины была огромной, даже такие игроки, как Месси и Тевес, сидели на скамье запасных, не имея места в основе.

Решение Пекермана расстроило Агуэро. Но Серхио ждал новый вызов в карьере — переезд в Европу. 30 мая 2006 года «Индепендьенте» продал свою звезду в мадридский «Атлетико» за 23 миллиона евро.

«Атлетико» делал ставку на Агуэро, рассчитывал на него как на игрока основного состава и одного из лидеров команды. Новая страна, новый, более сильный и сложный чемпионат, давление, связанное с количеством заплаченных за него денег — со всеми этими трудностями Агуэро справился. Помогла, наверное, освоиться ему и большая аргентинская колония в «Атлетико».

Поначалу Агуэро в основном выходил на замену, но вскоре завоевал себе место в стартовом составе. Первый гол за новый клуб Серхио забил уже в 3-м туре в Бильбао в ворота местного «Атлетика» (тогда он, кстати, вышел на поле с первых минут). В 6-м туре Агуэро провёл победный мяч в ворота «Рекреативо»: Хурадо подал угловой с правого фланга, Торрес коснулся мяча головой, а завершил комбинацию на дальней штанге ударом рукой (арбитр гол тем не менее засчитал) в падении именно Серхио; позже он скажет: «Да, я действительно коснулся мяча рукой. Это был рефлекс».

В целом, свой первый сезон на Пиренеях Агуэро провёл на приличном уровне. Хотя после 22-го тура, когда он забил победный гол всё тому же «Атлетику», «Кун» больше не забивал в том сезоне, тем не менее он вполне наработал на звание лучшего игрока мадридского «Атлетико» сезона-06/07.

Ещё одно знаменательное событие в карьере Агуэро произошло в самом начале того сезона. 3 сентября 2006 года он дебютировал в национальной сборной, заменив в матче против Бразилии (проигранном его командой 0:3) на 66-й минуте своего кумира — Карлоса Тевеса. Вообще Альфио Басиле достаточно регулярно вызывает Серхио в сборную, тот выходит в основном на замену. Так было и в стартовом матче отбора ЧМ-2010 против Чили. Летом 2007 года Серхио Агуэро на молодёжном чемпионате мира (Under-20) стал чемпионом, лучшим игроком и лучшим бомбардиром турнира (6 голов и 4 голевых передачи).

После ухода Фернандо Торреса в «Ливерпуль» (и несмотря на приход Форлана), именно Агуэро был призван стать (и это ему удалось) новым лидером атаки «Атлетико».

Именно Агуэро забил первый гол примеры-07/08, уже на 1-й минуте мадридского дерби поразив ворота «Реала». Далее в том сезоне он продолжил в том же духе. Уже к десятому туру он успел повторить свой показатель результативности прошлого сезона в чемпионате страны. Забивал «Кун» за «матрасников» и в Кубке УЕФА.

Женат на дочке Диего Марадоны. 19 февраля 2009 Серхио Агуэро стал отцом: дочь Джаннина родила мальчика.

Стал самым молодым игроком в аргентинском первом дивизионе, выйдя на поле в возрасте 15 лет и 35 дней (7 июля 2003 года против клуба «Атлетико» Сан-Лоренсо), побив при этом рекорд аргентинской легенды Диего Марадоны.
Лучший игрок молодежного чемпионата мира 2007.
Лучший бомбардир молодежного чемпионата мира 2007 (6 мячей).
Лучший молодой игрок 2007 года по версии ФИФА.
Был отмечен наградой итальянского издания Tuttosport как лучший футболист в возрасте до 21 года в Европе.
Чемпион Олимпийских игр (1): 2008
Обладатель Трофея ЕФЕ: 2008