Хавьер Пасторе родился в семье Хуана Карлоса, владельца фабрики по производству запасных частей для автомобилей, и домохозяйки Патрисии. У него было два брата, Лорена и Ариэль. Уже после рождения Хавьера, в семье появился четвёртый ребёнок, Хуан Мануэль.

Хавьер Пасторе начал карьеру в 1998 году клубе «Тальерес», за который болел с детства. В 2007 году он дебютировал в основном составе команды, выступавшей во втором дивизионе чемпионата Аргентины. Всего за команду он провёл 5 матчей. В начале 2008 года Пасторе, на правах аренды, перешёл в «Уракан». 24 марта 2008 года он дебютировал в основе команды в матче с «Ривер Плейтом», в котором его клуб проиграл 0:1. С Клаусуры 2009 Пасторе стал игроком основного состава команды. Тогда же он открыл счёт ударом с 25-ти метров в матче с «Ривер Плейтом», в котором его клуб победил 4:0, самая крупная победа «Уракана» над «Ривером» за 60 лет. В том турнире он забил 8 голов и 4 раза ассистировал партнёрам. Пасторе, вместе с Матиасом Де Федерико составил дуэт нападения команды, названный «фантастическим». Его клуб занял второе место в Клаусуре, лишь в последнем туре уступив чемпиону, «Велес Сарсфилду» 0:1

11 июля 2009 года Пасторе перешёл в итальянский клуб «Палермо», заплативший за трансфер игрока 8 млн евро. Контракт с футболистом был подписан до 2014 года с заработной платой 600 тыс. евро в год. Пасторе выбрал «Палермо» из предложений от множества команд, среди которых были «Лацио», «Милан», «Порту», «Челси» и «Бари». Также перехода Пасторе хотел «Манчестер Юнайтед», предложивший за трансфер футболиста 10 млн евро, но игрок отказал английской команде, так как не хотел сидеть на скамье запасных. Вскоре Пасторе получил итальянское гражданство, что позволило ему считать не-легионером в командах странах ЕС.

Пасторе дебютировал в составе «Палермо» 15 августа 2009 года в матче с клубом СПАЛ, завершившимся победой «росанеро» 4:2. 8 дней спустя он дебютировал в чемпионате Италии в матче с «Наполи», завершегося победой клуба Пасторе 2:1. В октябре-ноябре Хавьер был включён УЕФА в список семи самых перспективных игроков Европы. 30 января 2010 года Пасторе забил первый мяч в составе «Палермо», поразив ворота «Бари». После того, как травму получил Фабио Симплисио, Пасторе стал лидером «Палермо». Всего в сезоне 2009/2010 футболист провёл на поле 37 игр и забил 3 гола. По окончании сезона попытку выкупить футболиста предпринял мадридский «Реал», предложивший за трансфер полузащитника 25 млн евро, но «Палермо» отказал в продаже аргентинца.

Перед началом сезона 2010/2011 Пасторе сменил номер 6 на 27-й, который любит мама Пасторе, Патрисия. В начале сезона Хавьер забил свой первый гол в еврокубках, поразив ворота «Марибора». В сентябре Пасторе заинтересовался английский клуб «Манчестер Сити» и испанская «Барселона». В тоже время, президент «Палермо», Маурицио Дзампарини, сказал: Пасторе — это новый Зидан. Хавьер является очень сильным и искусным футболистом. Через два года он будет стоить столько, сколько сейчас стоит Месси. Ни в январе, ни в июне Пасторе не покинет нашу команду. Мадридский «Реал» уже просил меня о продаже Хавьера, но я отказал им. На данный момент Пасторе не продаётся

В феврале 2009 года Пасторе был вызван молодёжной сборной Аргентины на южноамериканское молодёжное первенство, но его клуб, «Уракан», отказался передать футболиста в распоряжение национальной команды из-за важных игр клуба.

15 декабря 2009 года Пасторе был вызван в состав сборной Аргентины. Через день он дебютировал в составе команды в матче со сборной Каталонии, где забил 3-й гол своей команды. В мае 2010 года главный тренер сборной, Диего Марадона, взял Хавьера в состав сборной, поехавшей на чемпионат мира. 24 мая Пасторе впервые вышел в стартовом составе сборной, в котором аргентинцы победили Канаду 5:0, а сам Хавьер действовал на позиции плеймейкера.

23 июля Пасторе впервые вышел в официальном матче сборной, в котором «альбиселеста» победила Грецию 2:0, а сам Хавьер появился на поле на 77-й минуте, заменив Серхио Агуэро. Также Пасторе вышел на поле в 1/8 чемпионата мира против Мексики и в 1/4 финала с Германией. Всего на чемпионате мира 2010 Пасторе провёл 3 игры. По окончании турнира Пасторе вошёл в список, составленный ФИФА, в котором перечислялись молодые футболисты, с большой долей вероятности, сыграющие на чемпионате мира 2014. После ухода Марадоны с поста сборной, Пасторе поддержал Диего, сказав, что Марадона нужен сборной Аргентины, как и сборная нужна Диего; и что он способен одним своим видом вдохновлять футболистов на великие свершения.